Компания была основана в Киото 23 сентября 1889 года Фусадзиро Ямаути (22 ноября 1859 — январь 1940) (прадедушкой президента компании Хироси Ямаути, который превратил её в игровое издательство) и изначально называлась, как «Нинтэндо Коппай». Компания начала выпускать игральные карты «Ханафуда» в особом японском стиле (они были нарисованы вручную), которые быстро завоевали популярность, и компания прочно закрепилась на японском рынке игрушек. У Ямаути не было сына, которому он смог бы передать по наследству семейный бизнес, поэтому, следуя древней японской традиции, он назначил преемником своего будущего зятя Сэкирё Канэду (1883—1949). Тому пришлось взять девичью фамилию супруги и стать Сэкирё Ямаути. 

В 1947 Сэкирё основал компанию «Маруфуку», чтобы распространять карты «Ханафуда», а также несколько других брендов карт, которые были введены «Nintendo». У Сэкирё, как и у его тестя, тоже были только дочери, из-за чего его зятю Сиканодзё Инабе тоже пришлось взять девичью фамилию жены, став, таким образом, Сиканодзё Ямаути. Однако отношения не заладились, и Сиканодзё, так и не успев занять президентское кресло, ушёл из семьи, бросив жену и детей. Его единственному сыну Хироси в 22 года, несмотря на то что ему изначально не хотелось этого делать, пришлось занять должность управляющего директора «Nintendo», когда у Сэкирё (после ухода Сиканодзё он и его дочь сами занимались воспитанием Хироси и его сестёр) начались серьёзные проблемы со здоровьем.

Nintendo Switch Была представлена 20 октября 2016 года и представляет собой гибрид портативной и стационарной консоли. Вышла по всему миру 3 марта 2017 года[13]. Главной особенностью Switch является возможность играть как с подключением к телевизору (через специальную док-станцию), так и со встроенного экрана в портативном режиме. 18 января 2018 года компания представила картонный конструктор Labo, включающий в себя набор мини игр для Nitendo Swich
Выручка компании в финансовом году, закончившемся 31 марта 2013 года, составила 635,4 млрд иен ($6,4 млрд), чистая прибыль — 7,1 млрд иен ($72 млн.)